"La vie est courte, l'art est long, l'occasion fugitive, l'experience trompeuse, le jugement difficile." Hippocrate

Apparition

En décembre 2019, une étrange pneumonie est détectée sur un marché de Wuhan, en Chine. C’est la naissance de la COVID-19 pour coronavirus disease 2019, maladie provoquée par une souche de coronavirus appelée SARS-CoV-2, variation de celui qui provoqua l’épidémie de SRAS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère), en Chine également, en 2003. En l’espace de 4 mois, le nombre de contaminés confirmés dépasse le million de personnes à travers plus de 200 pays et cause plusieurs dizaines de milliers de décès.

D’après le journal South China Morning Post, le premier cas serait apparu chez un habitant de 55 ans de la province d’Hubei le 17 novembre 2019, bien avant la première détection officielle. Néanmoins, il semblerait que les premiers médecins ayant tenté de signaler cette maladie, aient fait l’objet de censure et de pression par le gouvernement chinois comme le révèle The Guardian. 

En effet la Dr Ai Fen, Directrice du Wuhan Central Hospital explique avoir subi des réprimandes après avoir voulu alerter ses supérieurs et collègues qu’un patient était contaminé par un virus de type SARS. C’est grâce au Dr Li Wenliang, ophtalmologue de 33 ans du même hôpital, que la rumeur du virus a pu prendre vie sur les réseaux sociaux le 30 décembre 2019 et ce, malgré les accusations de la police de « comportement illégal » et de « rédaction de fausses nouvelles ». Dès le lendemain, la Wuhan Municipal Health Commission annonce sur son site internet : « Selon l’analyse des enquêtes épidémiologiques et des tests de laboratoires préliminaires, les cas […] sont considérés comme une pneumonie virale. L’enquête n’a jusqu’à présent révélé aucune transmission interhumaine […]. La maladie est évitable et contrôlable. »

Le gouvernement chinois isola le virus le 07 janvier et décidera d'en partager la séquence du génome le week-end du 11-12 janvier 2020, avant que l'OMS ne déclare l'Urgence de Santé Publique de Portée Internationale (USPPI) le 30 janvier, et l'état de pandémie le 11 mars.

Le Dr Li Wenliang en décèdera le 07 février laissant une femme et un enfant derrière lui.

L’Homme est-il responsable de la création de ce virus ?

De nombreux posts sur les réseaux sociaux interrogent sur les origines même de cette pandémie, certains n’hésitant pas à affirmer qu’un laboratoire serait à l’origine de la fuite du virus. Un sondage commandé par Conspiracy Watch et l’institut Jean Jaurès le 28 mars, estime que 26% des français pensent que le SARS-CoV-2 a été conçu intentionnellement ou accidentellement en laboratoire.

En effet, un laboratoire classé BSL4 (BioSafety Level 4) existe à Wuhan ; cette codification permet de classer les sites suivant la dangerosité potentielle des germes étudiés. Ce groupe « comprend les agents biologiques qui provoquent des maladies graves chez l’homme […], il n’existe [pas de] traitement efficace ».  Tous les laboratoires souhaitant obtenir le label BSL4 doivent répondre aux exigences de confinement éditées par les autorités sanitaires.

De très récentes révélations affirment que le laboratoire du Wuhan souffrait de manquement en terme de sécurité depuis 2018 d'après le Washington Post. L'enquête est en cours, des précisions et corrections seront apportées une fois les lumières faites sur les éventuelles responsabilités ou non, du laboratoire.

Cependant, un article paru dans la prestigieuse revue Nature semble établir un lien solide entre le pangolin ou la chauve-souris, porteurs d’une souche du SARS, et la variation responsable de l’actuelle pandémie.

Pour finir, le Dr Damien Goutte-Gattat (Chercheur en biologie cellulaire moléculaire au Barts Cancer Institute de la Queen Mary University of London) détaille dans un document comment « le génome [ne présente] aucune trace des techniques de biologie moléculaire connues et utilisées en laboratoire […]. » Ecartant donc l'humain de la création du virus.

Mortalité du virus

Au moment auquel ce papier est rédigé, soit le 17 avril, l’OMS estime à 2 078 605 cas confirmés de COVID-19 dans 213 pays, et 139 515 décès depuis le début de l’épidémie. Ces chiffres, bien que mis à jour en quasi temps réel, ne prennent pas en compte les cas suspects mais non confirmés, les critères choisis pour tester variant d'un pays à l'autre. Cela peut sous-estimer l’état réel de la pandémie. Par exemple, l’Allemagne enregistre dans ses statistiques toutes personnes positives, symptôme ou pas ; a contrario de l’Italie, qui réalise beaucoup de test mais essentiellement sur des personnes hospitalisées, ce qui a pour effet de rater la population contaminée mais asymptomatique et ainsi d'augmenter la mortalité « artificiellement ».

Parmi les facteurs aggravants, le grand âge en est un. Si nous comparons encore l'Allemagne et l’Italie, la première compte 80% de malades de moins de 60 ans, la seconde seulement 44%, et donc 56% de plus de 60 ans. En résumé, si la population au départ est déjà plus agée que la moyenne,  il est normal que le taux de mortalité varie à la hausse. 

Concernant la France, les derniers chiffres sont de 108 163 cas confirmés, 18 659 décès. Environ 75% des décédés en hôpitaux avaient plus de 70 ans (Source : OMS).

Il est compliqué d'annoncer un taux de mortalité fixe, universel, et fiable pour la COVID-19. Il faudrait pour cela avoir le nombre définitif de décès et de guéris. On en saura donc plus après la fin de la pandémie. Cette précaution prise, un article paru dans la revue The Lancet  nous donne un taux de mortalité d'environ 0,145% pour les moins de 60 ans et de 3,28% pour les plus de 60 ans. Le détail par tranche d'age est disponible en page 5 de l'étude.

Les études en cours

A moins de vivre isolé de tout média, tout le monde a entendu parler des études françaises et chinoises sur la chloroquine, dont on reparlera plus tard, néanmoins l’emballement médiatique provoqué autour de cette molécule a tendance à occulter le travail de centaine d’autres chercheurs, espérant faire la découverte qui mettra un terme à ce raz de marée.

L’une des plus médiatiques, après celle de l’IHU du Pr Raoult, est bien entendu
« Discovery » (Découverte, NDLR), le projet européen piloté par la Pr Florence Ader, pneumologue à l’hôpital Croix Rousse à Lyon.

Cette étude portera sur 3 200 patients en Europe, dont au moins 800 en France, durera 15 jours (débutant à l’admission du patient), et sera composée de « 5 bras » (ou modalités de traitement). Elle sera randomisée (chaque patient sera mis aléatoirement dans l’un des 5 groupes), mais sera ouverte : le patient sera averti après assignation du traitement qu’il suivra, et donc ne proposera pas d’essai contre placebo.

Les 5 bras se composent d’un bras avec seulement le « traitement standard » (Standard of Care ou SoC) et de 4 bras qui recevront le SoC plus un traitement complémentaire :

• Du remdesivir : un antiviral qui a échoué à démontrer son efficacité contre Ebola in vivo (malgré des résultats encourageants in vitro). Il a néanmoins démontré une bonne efficacité contre un coronavirus chez le chat.
• Du lopinavir et ritonavir : cette association d’antiviraux est employée dans la prise en charge d’infection par le VIH.
• De l’interféron Bêta 1A : il s’agit d’une protéine produite naturellement par des cellules lors d’une infection virale par exemple. Quand elle déclenche ses effets, elle montre des activités antivirales et immunorégulatrices. Elle est notamment employée dans le traitement de la sclérose en plaque.
• L’hydroxychloroquine : nous traiterons son sujet en détail plus loin, en résumé il s’agit d’un antipaludique dérivé de la quinine. 

 Le protocole complet et disponible dans ce lien.

Le CHU d’Angers vient également de lancer son propre essai clinique, « Hycovid » sur 1300 patients répartis dans 33 hôpitaux français avec pour objectif de trancher sur la question de l’efficacité de la chloroquine.

Cet essai, premier réalisé en double aveugle randomisé (voir la partie sur la méthode scientifique) contre placebo, respectera un protocole très strict. Dans une conférence de presse le Pr Vincent Dubee, responsable de l’étude, précise que « l’étude Hycovid, qui correspond aux standards scientifiques, méthodologiques les plus élevés, devrait permettre de répondre de manière définitive à ces questions et de clore, une fois pour toutes, le débat sur l’efficacité de l’hydroxychloroquine. »

Pr RAOULT Dr Jekyll

Le Pr Didier Raoult est un éminent et respecté professeur / chercheur en microbiologie. Après avoir obtenu un baccalauréat littéraire à 19 ans en candidat libre, il intègre une fac de médecine, réussit son internat puis son doctorat avant de devenir, à la fin de ses études, professeur de microbiologie à la faculté de Marseille et finira par prendre la tête de l’université de la Méditerranée-Aix-Marseille de 1994 à 1999.

Il se distinguera par la découverte en 1983 d'une méthode permettant la culture de rickettsies (des bactéries parasites).

Il recevra 8 prix et récompenses durant sa carrière parmi lesquelles le Prix d’Excellence de la Société Européenne de microbiologie clinique et maladie infectieuses en 2002. La Medical Grand Round en 2005 et 2006 de la part de l’hôpital de Chicago et la prestigieuse Université de Stanford, le Grand Prix INSERM en 2010 et le prix de la fondation Louis D. de l’institut de France en 2015.

En 2018 il inaugure et dirige l’IHU Méditerranée Infection qui a pour objectif « de condenser les moyens de luttes contre les maladies infectieuses ».

Auteur (ou co-auteur) de pas moins de 1 826 publications depuis 2002 (environ 1 tous les 4 jours pendant 18 ans), il est à l’origine de l’étude qui provoquera l’emballement médiatique autour de la chloroquine. Il affirme dès février 2020, suite à la parution d'une étude chinoise, que la chloroquine est efficace contre la covid-19 et que cette maladie est "probablement l'infection respiratoire la plus facile à traiter de toutes, la moins chère, et donc, c'est pas la peine de s'exciter..."

La chloroquine, c’est quoi ?

Cette molécule est très ancienne. Découverte sous sa forme brute, la quinine, dans les années 1600 au Pérou, elle provient de l’écorce d’un arbre appelé « Loja Bark » ou « Cinchona Officinalis ». Elle est utilisée en France comme traitement préventif antipaludéen sous le nom nivaquine.

Le brevet étant désormais dans le domaine public, tous les laboratoires pharmaceutiques peuvent en produire, en France c’est principalement Novartis et Sanofi qui détiennent la production.

Ce traitement dispose d’une liste d’effets secondaires longue et potentiellement mortels au point que la mise sur le marché fut repoussée autant que possible à cause de sa toxicité. Toxicité démontrée dès les premières études en 1947. On y retrouve des problèmes cardiaques, rénaux, hépatiques, neurologiques, oculaires, etc.

La haute toxicité de ce traitement n’a pas tardé à se faire savoir et de se retrouver dans l’ouvrage « Suicide, Mode d’emploi » de Claude Guillon en 1982. Le traitement, à l’époque en vente libre, se vendait en boite de 100 comprimés de 100 mg, soit 2 fois la dose mortelle théorique pour un adulte. Dans les années 80, les trois quarts des personnes admises pour intoxication à la chloroquine avec volontés de mettre fin à leurs jours reconnaissaient avoir lu l’ouvrage.

Un arrêté du 13 janvier 2020 classe désormais la chloroquine et ses dérivés en "liste II"soit médicament sur ordonnance, suite à un avis paru en novembre 2019 par l’Agence Nationale de Sécurité Sanitaire Alimentation Environnement et Travail (ANSES).

L'Agence Nationale de Sécurité du Médicament (ANSM) avertira dans un point d'information du 30 mars des effets secondaires dangeureux de la chloroquine, pouvant mener jusqu'à la mort, comme se fut le cas en Nouvelle-Aquitaine.

Les études sur la chloroquine

Commençons par celle qui fait débat, celle qui provoqua le raz de marée. Elle a été réalisée par l’IHU sous la direction du Pr Didier Raoult. Elle portait (au départ) sur 42 patients.

Cette cohorte était répartie en 2 bras :

• Un groupe (26) recevant de l’hydroxychloroquine qui, suivant l’état clinique, pouvait être associée à de l’azithromycine,
• Un groupe contrôle (16) composé de patients non traités d’un autre hôpital et ceux refusant le protocole.

Malheureusement, 6 patients furent retirés du groupe chloroquine. 3 ont été transférés en réanimations en raison d’une aggravation (1 à J+2, 1 à J+3 et 1 à J+4), 1 arrêta le traitement en raison d’effet secondaire, 1 autre décida de quitter l’hôpital à J+3, et enfin un dernier décéda 3 jours après son inclusion.

Le Pr Raoult donnera comme conclusion qu’en dépit d’une cohorte réduite, son étude démontre que l’hydroxychloroquine est significativement responsable de la baisse/suppression de la charge virale chez les patients atteints par la COVID-19, et que cet effet est renforcé par l’azithromycine.

Les données brutes nous apprennent que 70% (14/20) des patients traités ont une disparition de charge virale par prélèvement nasopharyngé après 6 jours de traitements ; alors que seulement 12,5% (2/16) sont dans le même cas pour la même durée dans le groupe contrôle.

Mais, il y a un mais.

Plusieurs acteurs du monde scientifique remettent rapidement les conclusions de l’équipe de l’IHU en doute, à l’instar du Pr Simon Gates, professeur en biostatistique à l’université de Birmingham qui explique dans une interview pour Sciences et Avenir : "On ne dit pas que l’hydroxychloroquine ne marche pas, on dit seulement que cette étude ne permet pas de le savoir." Les autres chercheurs ajouteront :  "C’est un cas de surinterprétation, les conclusions énoncées dans l’étude ne sont pas corroborées par leurs résultats."

Parmi les nombreuses critiques, on peut citer le manque de randomisation (attribution aléatoire dans un groupe de l’étude), afin de s’assurer d’une distribution homogène et de pouvoir comparer les effets avec un placebo ou un traitement parallèle.

On y trouve également des incohérences suspectes, par exemple cette interview d’une avocate de 37 ans soit disant guérie du COVID-19, dont on ne retrouve aucune trace dans le tableau listant les patients et leur suivi durant cette étude. Ou encore des patients traités alors que chacun des prélèvements se sont révélés être négatifs durant les 6 jours de traitement.

Un problème majeur qui pourrait laisser planer un doute quant à la sincérité de cette étude, c'est le risque de conflit d'intérêt. En effet, la force d'une étude scientifique lorsqu'elle est soumise à une revue à comité de lecture, c'est l'ensemble des spécialistes composants ce comité qui va lire, vérifier, s'assurer que le papier proposé est solide et fiable. Afin de s'assurer de l'objectivité des membres du comité, il est bon d'envoyer ses articles à un organisme avec lequel le laboratoire n'est pas supposé avoir de lien.

L'article du Pr Raoult a été publié dans l'International Journal of Antimicrobial Agents, revue dont le rédacteur en chef, le Pr Rolain, est également responsable du pôle valorisation de l'IHU, ou encore la Dr Baron Sophie travaillant également à l'IHU mais occupant aussi le poste d'assistant scientifique dans la même revue... Bien que ces faits ne constituent en rien une démonstration des erreurs contenues dans l'étude, il est raisonnable de se demander si l'ensemble des personnes travaillant à la fois pour un journal et pour le laboratoire était réellement objectif lors du choix de la publication de cette article.

On notera également le soutien de l'ancien ministre de la santé, Philippe Douste-Blazy, qui est membre du conseil d'administration de l'IHU.

Concernant les autres études (que vous pouvez retrouver sur ce lien), elles souffrent pour la quasi totalité de biais méthodologiques divers (nombre de sujet, absence de randomisation...) provoquant un risque de validation de l'efficacité alors qu'il n'en est rien, plus de détail seront donnés dans la partie réservée à la méthode scientifique.

Pr RAOULT Mr Hyde

Le Pr Raoult est également connu pour avoir des prises de position surprenantes. Dans son ouvrage Mieux Vaut Guérir que Prédire (Edition Michel LAFON 2017), il remet clairement en cause la réalité même du réchauffement climatique et de la responsabilité de l’homme : « Cette nervosité croissante est née d’une inquiétude grandissante liée au fait que la nature a refusé d’obéir aux prédictions. Les faits sont difficilement contestables : la température de la Terre a augmenté rapidement de 1980 à la fin des années 1990 ; depuis, elle est en plateau, alors on parle d’« hiatus » climatique ! ». Il ajoutera en fin de chapitre : « En science, une théorie doit pouvoir être contredite. C’est la base de l’enseignement de Karl R. Popper, sinon elle perd son statut de théorie scientifique pour devenir une religion […] ».

Pourtant, l'origine anthropique du réchauffement climatique semble bien faire consensus dans la communauté scientifique.

Il explique également dans un entretien au Point à propos de la théorie de l’évolution : « L’arbre darwinien n’existe pas. C’est un fantasme. L’idée du tronc commun avec les espèces qui divergent comme des branches est un non-sens. » Et encore d’ajouter : « Le darwinisme a cessé d’être une théorie scientifique quand on a fait de Darwin un dieu. »

La théorie de l'évolution de Charles Darwin traite des différentes variations que peuvent subir deux individus d'une même espèces suivant différents facteurs (comme l'environnement) et de la sélection naturelle. En résumé, un individu ayant un avantage constitutif sur ces congénères (griffes plus pointues pour la chasse, vitesse de course plus élevée pour fuir un prédateur...) aura plus de chance de se reproduire, et ainsi de perpetuer ses gènes. Cette théorie date (1859) d'une époque où la génétique n'existait pas. Il est donc normal que celle-ci soit "limitée" par les moyens technologiques de l'époque. C'est donc naturellement que son travail est complété, amélioré, par les chercheurs actuels, mais pas encore remis en cause à l'aide d'éléments factuels.

Il a été également banni 1 an de la American society for Microbiology et interdit de publication dans une douzaine de revues majeures pour falsification et manipulation des données. 

Il fait actuellement l’objet de lourd soupçon de fraudes dans plusieurs études, parmi lesquelles, une parue en février 2015 dans laquelle de possibles trucages sur des analyses ou encore dans une étude de 2016 sur le diagnostic de la Borrelia Crocidurae, dans laquelle l’utilisation de montage photo est suspectée. C’est dans une vingtaine d’études que des incohérences ont été relevées.

Plus récemment, en 2017, un courrier anonyme en provenance de douze personnes de l’IHU est transmis au Comité d’Hygiène Sécurité et des Conditions de Travail (CHSCT) composé de 4 membres issus du CNRS, de l’Inserm, de l’IRD et d’Aix-Marseille Université.

Dans cette lettre, les ingénieurs, assistants et personnels techniques, se plaignent « d’une absence de reconnaissance et de considération […] », ils se disent « confrontés à des formes de mépris, culminant dans des réflexions du type : vous n’êtes pas là pour réfléchir mais pour faire ce qu’on vous dit de faire ». Cet évènement aura pour conséquence la perte des labels Inserm et CNRS pour les deux nouvelles unités de l’IHU, entrainant la colère du Pr Raoult et la naissance sur les réseaux sociaux de la théorie complotiste autour de Yves Lévy, alors PDG de l’INSERM, et de sa femme, Agnès Buzyn.

La méthode scientifique, barrière ou jalon ?

C'est probablement le point névralgique de la fracture entre "Pro" et "Anti" Pr Raoult. Mais que signifie ce terme?

La méthode scientifique pourrait être défini comme l'ensemble des moyens permettant de produire de la connaissance. Plus la connaissance à produire est complexe, soumise aux risques d'erreurs ou de biais, plus le protocole et la façon de faire devront être rigoureux. Le cerveau humain est imparfait. Il est régulièrement victime de nombreux biais cognitifs pouvant induire en erreur, fausser un raisonnement, ou même supposer comme bon un argument qui ne l'est pas. Le but final de la méthode scientifique est de permettre d'écarter au maximum ces erreurs "humaines" afin que le résultat soit aussi objectif et fiable que possible. 

En médecine, lorsqu'une nouvelle molécule est expérimentée dans un traitement contre une maladie quelconque, le protocole employé est souvent le même d'une étude à une autre : c'est l'étude dite "randomisée en double aveugle contre placebo". Ces termes, barbares pour un néophyte, révelent un sens plutôt simple à appréhender. 

Une étude randomisée signifie que chaque sujet est intégré dans un des groupes de l'étude de manière aléatoire dans le cas d'une étude comparative (molécule A contre molécule B ou placebo). La randomisation permet de limiter de nombreux biais, comme le biais de sélection, ou le biais d'observation. Vous trouverez plus de détail sur ce lien.

L'étude en double aveugle se déroule uniquement dans le cas d'étude comparative. Dans cette situation, les différents traitements à expérimenter seront identiques en tout point. Si la molécule testée est dans une gélule bleue et violette, le second traitement ou le placebo devra se présenter sous une forme identique. Les gélules seront ensuites distribuées aux sujets, sans que les participants ni les chercheurs ne savent qui reçoit quoi. C'est seulement une fois l'étude finie que l'attribution du traitement est révélée afin d'en mesurer l'efficacité.

Et enfin, lors d'une étude comparative, la confrontation d'un principe actif et d'un placebo permet de mesurer dans quelle proportion un principe actif est réellement plus efficace que l'effet contextuel du seul placebo (guérison spontanée ou amélioration notable par des productions de substances chimiques par notre cerveau). Mais aussi de savoir si la maladie ne disparaitrait pas d'elle-même après seulement quelques jours.

Encore faut-il avoir suffisament de sujet à tester. La taille d'un groupe va forcément influer sur la qualité d'un résultat. D'après l'OMS, 80% des personnes guerissent en quelques jours sans traitement. Il devient de facto  important d'être encore plus prudent avec les facteurs de confusion.

Conclusion

Les domaines qui touchent à la santé, à la médecine, plus encore en période de crise sanitaire, sont toujours clivants et complexes. N'ayons pas peur de ne pas tout maitriser, de ne pas tout savoir, n'ayons pas peur d'avoir confiance dans nos experts. Cet article n'a pas vocation à vous imposer une pensée. Juste de vous offrir quelques éléments factuels, vérifiés et vérifiables, afin que vous puissiez vous forger votre opinion sans commencer par une des nombreuses fake news orbitant sur le sujet. Même si parfois elles nous semblent plus réconfortantes ou plus en accord avec nos postulats de départ. Pour citer l'auteur Alain dans son ouvrage "Les Propos sur l'Education" paru en 1932 :

"Une erreur chérie creuse la place d'une amère vérité."

Remerciements

En tant que rédacteur, je tiens à remercier toutes les personnes m'ayant prété main forte pour la constitution de ce dossier. Merci à Géraldine Woessner, journaliste chez Le Point, qui a bien voulu regarder la structure et apporter des conseils, merci au Pr Gousse-Gattat pour avoir fourni son travail sur le virus en lui-même, merci à Sylvain Cavalier, créateur de la chaîne youtube "Le Débunker des Etoiles", pour avoir fourni une grande quantité de travaux de recherches sourcées sur le même sujet. Merci aux professionnels de santé ayant transmis des diaporamas complets compilants les différentes études ainsi que les conclusions des médecins de ces CHU. Merci aux anonymes de twitter qui ont transmis des liens vers différents articles en rapport avec le dossier. Votre aide à toutes et tous a été très précieuse.